가까운 미래. 유전자 기술의 거듭된 발전으로 초인간적인 능력을 지닌 돌연변이들이 생겨난다. 이러한 돌연변이의 초능력이 인류를 위협할 것이라고 생각한 몇몇의 극단적인 인간들을 중심으로 돌연변이들을 격리 수용하는 등록법안을 만들어 이를 통과시키려는 계획을 세운다. 이 법안에 대한 지지 여론이 높아지면서 돌연변이와 인간의 관계는 더욱 악화된다.
그러던 어느 날, 신원이 밝혀지지 않은 누군가가 백악관을 공격, "돌연변이에게 자유를"이라는 메시지를 남기고 사라진다. 이 사건으로 인해 줄기차게 돌연변이 격리를 요구해온 강경파가 목소리를 높이고, 과학자이자 전직 장성인 스트라이커는 군대를 동원해 본격적인 돌연변이 청소를 시작한다. 그는 첫번째 단계로 엑스맨의 정신적 지주인 사비에 박사(패트릭 스튜어트 분)를 공격한다. 이에 돌연변이들끼리 연대할 필요성을 느낀 매그니토 박사(이안 맥켈런 분)는 감옥에서 탈출하여 사비에 박사를 구하고, 울버린(휴 잭맨 분), 스톰(할 베리 분) 등의 엑스맨에게 인간과의 전면전을 함께 할 것을 제안하는데…
 

DISC 1
• In-Movie-Features: 무비-인 영상
본편 재생 중 리모콘의 4가지 색깔의 버튼을 눌러 관련 정보에 접근할 수 있는 기능
녹색 – 음성 해설 / 파란색 – 인터뷰와 제작 뒷이야기 PIP /
노란색 – 포토 갤러리 / 붉은색 – 다른 버튼의 현재 상황을 텍스트로 표시
• X-Men 2 BonusVIEW (PIP) : <엑스맨 2> 보너스 뷰
• X-Men 2 In-Feature Photo Gallery : <엑스맨 2> 영화 속 포토 갤러리
• Commentary by Bryan Singer and Tom Sigel (한글 자막) : 브라이언 싱어 감독과 촬영 감독 톰 시겔의 음성 해설
• Commentary by Lauren Shuler Donner, Ralph Winter, Michael Dougherty, Dan Harris and David Hayter (한글 자막) : 로렌 슐러 도너, 랄프 윈터, 마이클 도허티, 댄 해리스, 데이빗 해이터의 음성 해설
• Marvel Universe Trailers: 마블 유니버스 예고편
<엑스맨 탄생: 울버린> <엑스맨> <엑스맨: 최후의 전쟁> <데어데블> <판타스틱 4>
• D-BOX Motion Code: D-BOX 모션 코드 삽입

DISC 2 (한글 자막)
• History of the X-Men: 엑스맨의 역사
The Secret Origin of X-Men: 엑스맨의 기원과 그 비밀
Nightcrawler Reborn: 나이트크롤러 재탄생
• Pre-Production: 프리-프로덕션
Nightcrawler Attack: Multi-Angle Study: 나이트크롤러의 습격 – 멀티 앵글 분석
Evolution in the Details: Designing X2: 진화의 세부 구조 - <엑스맨 2> 디자인
United Colors of X: 엑스맨의 컬러
• Production: 프로덕션
Wolverine / Deathstrike Fight Rehearsal : 울버린과 데쓰스트라이크의 격투 장면 리허설
The Second Uncanny Issue of X-Men: Making X2 : 초자연적 이슈, 그 두번째: <엑스맨 2> 제작 과정
Introducing the INCREDIBLE NIGHTCRAWLER!: 환상적인 나이트크롤러 소개
Nightcrawler Stunt Rehearsal: 나이트크롤러 스턴트 리허설
Nightcrawler Time-Lapse: 나이트크롤러 저속 촬영
FX2 - Visual Effects: FX2 - 시각 효과
• Post-Production: 포스트-프로덕션
Requiem for Mutants - The Score of X2: 뮤턴트 레퀴엠: <엑스맨 2> 음악
X2 Global Webcast Highlights: <엑스맨 2> 온라인 인터뷰 하이라이트
• Deleted Scenes: 11개의 삭제/확장 장면
• Galleries: 갤러리
Characters / Locations and Set / Mutant X-Rays / Nightcrawler Circus Posters / On-Camera Graphics / The Unseen X2
• Trailers: 3편의 영화 예고편