FBI 요원 폭스 멀더는 FBI 내에서 X-File로 알려져 있는 미해결 사건들을 수사한다.

그는 이 사건들이 과학적으로 설명할 수 없는 현상들과 초자연적인 능력에 관련이 있다고 믿고 있다. 한편 그의 파트너로 배속된 스컬리 요원은 처음엔 멀더의 기이한 행동에 대해 이상하다고 여기지만 점점 그를 이해하게 된다.

두 사람은 설명할 수 없는 이상한 사건들에 부딪히면서 두터운 신뢰를 쌓아간다. 그러나 엑스파일 부서가 해체된 후 멀더는 도청업무를, 스컬리는 아카데미로 발령되어 검시관 업무를 하게 된다.
그러나 돌연변이, 외계인, 미확인 물체, 불가사의한 죽음 등 이상한 사건들이 계속 발생하고 그때마다 멀더는 사건을 맡게된다.

이런 기이한 현상들을 둘러싸고 보이지 않는 권력과 폭력에 맞선 멀더의 힘겨운 싸움은 계속되고, 그는 실종된 여동생 사만다에 대한 의혹을 풀기위해 더욱 더 사건에 집착하게 된다.

DOCUMENTARY "THE TRUTH ABOUT SEASON 2" :다큐멘터리 “시즌2에 관한 진실” (한글자막 지원)
CHRIS CARTER TALKS ABOUT SEASON 2 EPISODES : 크리스 카터가 말하는 시즌2의 에피소드들 (한글자막 지원)
BEHIND THE TRUTH: 숨겨진 진실 (한글자막 지원)
DELETED SCENES: 삭제된 장면 (한글자막 지원)
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